Suomenlinnaa restauroi, ylläpitää, esittelee ja hallinnoi Suomenlinnan hoitokunta, opetus- ja kulttuuriministeriön alainen valtion virasto. Helsingin kaupunki on vastuussa kunnallisista palveluista sekä osaltaan linnoituksen hoidosta ja liikenneyhteyksistä. Suomenlinnan suojelu ja valvonta kulttuurihistoriallisena muistomerkkinä kuuluu Museovirastolle.

Hoitokunnassa työskentelee noin 80 eri alojen ammattilaista. Toimintaa ohjaa johtokunta, jossa on valtion, kaupungin ja asukkaiden edustajia. Hoitokunta saa eri tehtäviensä toteutukseen rahoitusta valtion budjetista ja hallinnoimiensa kiinteistöjen vuokrista. Valtion kulttuurikiinteistötyöryhmä totesi vuonna 2012, että Suomenlinnan hoitokunnan rooli kokoavana, monialaisena valtion kiinteistönhaltijavirastona on osoittautunut toimivaksi ja edulliseksi ratkaisuksi.

Hoitokunta mahdollistaa kumppaniensa kestävää ja maailmanperintökohteen arvoja tukevaa toimintaa. Tämä tapahtuu yhteistyöverkostoissa asiantuntijoiden, asukkaiden, toimijoiden ja oppilaitosten kanssa.