Valtio huolehtii Suomenlinnan hallintojärjestelyistä maailmanperintösopimuksen edellyttämällä tavalla.

Laki Suomenlinnan hoitokunnasta on vuodelta 1988, ja sitä täydentää asetus vuodelta 2013. Museovirasto on tehnyt esityksen Suomenlinnan suojelusta vuonna 2017. Esitys on käsittelyssä. Suomenlinnan suojelussa ja hoidossa noudatetaan muinaismuistolakia.

Tällä hetkellä Helsingin kaupunki valmistelee Suomenlinnan asemakaavaa, jota on tehty yhteistyössä hoitokunnan kanssa. Helsingin yleiskaava astui voimaan 2018. Siinä Suomenlinna on esitetty omana alueenaan ja osana merellistä Helsinkiä. Suoja-alueen ja Suomenlinnan eteläpuolisen merialueen saaret ovat virkistyskäytössä.

Yleiskaavassa esitetyt toiminnot ja vesiliikenneyhteydet tukevat Suomenlinnan käyttöä eivätkä uhkaa sen arvoja.